本学科卒業生の就職先として、大きく病院関連、企業関連、進学の3つがあげられます。
病院関連は、特定機能病院や地域支援病院のような多くの診療科を持つ病院と人工透析専門のクリニックに分かれ、特に前者では臨床工学部門を持つところが増えています。
臨床工学技士は、この部門に所属し、手術部、集中治療部、救命救急センター、血液浄化部などで、人工心肺業務、呼吸療法業務、血液浄化業務、高気圧関連業務、医療機器管理業務を担う職種として高いニーズがあり、医療機器安全管理者としての期待が高まっています。企業関連としては、医療関連企業が多くを占め、医療機器の開発・製造部門や病院へのサポート部門（フィールドエンジニアなど）で活躍しています。

また、高度な専門知識や研究方法を学ぶための大学院進学という進路もあります。いずれにせよ、医療従事者としての、協調性、思いやり、責任感を身につけていることが重要です。